Pieno kokybę lemia šie veiksniai: bendras bakterinis užterštumas, somatinių ląstelių skaičius (SLS), inhibitorinių medžiagų nebuvimas ir pieno užšalimo temperatūra. SLS didėjimas piene pridaro daugiausia nuostolių  pieno ūkiams, jis lemia pieno kiekybės ir kokybės pokyčius. SLS piene padidėjimo priežastis gali būti traumos, cheminių medžiagų poveikis arba infekcinės ligos. Didėjant bakterijų skaičiui prastėja pieno kokybė, sumažėja jo laikymo trukmė ir panaudojimo galimybės.

SLS piene yra visada. Pavyzdžiui, jei pienas po melžimo neužteršiamas, tai atvėsinus viename jo mililitre randama tik apie 10 tūkst. bakterijų. Sveikų karvių piene somatinių ląstelių kiekis gali būti iki 300 tūkst./ml.

Pieno, kuriame baltymų ir riebalų santykis yra didesnis, biologinė ir ekonominė vertė yra aukštesnė. Baltymų kiekis natūraliame piene duoda didžiausią vertę - didėjant pieno baltymingumui didėja jo maistinė vertė bei mineralinių medžiagų (kalcio ir fosforo) kiekis. Daugiau kaip 80 proc. viso superkamo pieno perdirbama į sūrius, varškę, sviestą ir kitus gaminius, o likusi dalis – į geriamąjį pieną. Todėl baltymų kiekis yra svarbus, nes kuo baltymingesnis pienas, tuo daugiau galima pagaminti aukštos pridėtinės vertės produktų.

Dėl šių priežasčių daug baltymų turintis pienas yra vertingesnis ir už jį ūkininkams visame pasaulyje, taigi ir Lietuvoje, mokama didesnė supirkimo kaina ir atvirkščiai.

Pieno supirkimo kainai įtaką daro ir perdirbėjų patiriami transportavimo kaštai – kuo toliau nuo pieno perdirbimo įmonės yra įsikūręs pieno tiekėjas, tuo mažesnę supirkimo kainą dėl didesnių transportavimo kaštų gali siūlyti pieno perdirbėjai. Tai kad Lietuvoje dominuoja smulkūs pieno ūkiai, lemia, jog pienas iš jų surenkamas patiriant didesnius kaštus, o superkamo pieno kokybė yra žemesnė.

Į pieno supirkimo kainą įskaičiuojamos ir išlaidos pieno supirkimo punktams išlaikyti. Išlaidas sudaro: elektra, darbuotojų užmokestis, vanduo, plovimo ir dezinfekavimo priemonės, laboratorinė įranga, šaldymo ir temperatūros palaikymo įranga.

Supirkimo kaina tiekėjams taip pat yra didinama už jų pastovumą ir lojalumą. Stambesnių ūkių pieno pasiūlos sezoniškumas yra gerokai mažesnis negu smulkių ūkių. Stambių ūkių pasiūla stabili visus metus, o smulkių ūkininkų gana smarkiai svyruoja. Kadangi pieno perdirbėjams yra svarbus stabilumas, didesniems ūkiams jie gali siūlyti didesnes kainas.

Dideli, stiprūs ir kokybišką pieną tiekiantys gamintojai pieno perdirbėjams yra labai svarbūs, nes pieno produktus gamina kokybę vertinantiems vartotojams. Todėl pieno perdirbėjai su nuolatiniais pieno žaliavos tiekėjais kuria stiprius verslo partnerystės santykius. Tokia partnerystė naudinga ne tik gamintojams, galintiems išsiderėti geriausią pieno supirkimo kainą, bet ir perdirbimo pramonei, nes ji garantuota, jog nepritrūks geros kokybės žaliavos, o vartotojai ­– jų poreikius tenkinančių kokybiškų pieno produktų. 

Pavyzdžiui, jeigu vidutinė natūralaus (4,30 proc. riebumo ir 3,28 proc. baltymingumo) pieno supirkimo kaina siekia 207,0 Eur už t, o tą patį natūralų pieną perskaičiavus į bazinį (3,4 proc. riebalų ir 3,0 proc. baltymų.) vidutinė bazinių rodiklių pieno supirkimo kaina jau tampa 167,4 Eur už t. Skirtumas ne toks menkas – 19 proc.

Popieriuje pakinta ir supirkto pieno kiekis. Pavyzdžiui, superkama 1 tona natūralaus pieno. Kai  jis perskaičiuojamas į bazinį, tuomet tas kiekis išauga iki 1,2 t, supirkimo kaina pagal bazinius rodiklius popieriuje sumažėja, tačiau realaus pieno lieka tiek pat – 1 tona.

Lietuvos pieno perdirbimo įmonės siūlo pieno bazinius rodiklius suvienodinti su ES šalimis. Trumpuoju laikotarpiu bazinių rodiklių pakeitimas ar panaikinimas savaime nepakels vidutinės  kainos už natūralų pieną Lietuvoje. Tačiau ilguoju laikotarpiu tai  paskatintų  pieno ūkius gaminti didesnio baltymingumo ir maistingumo pieną už kurį mokama didesnė kaina. Be to, didesnio baltymingumo pieno žaliava taptų konkurencinga ir pelninga eksporto rinkose, visų pirma, Lenkijoje, kurios pieno pramonė yra viena didžiausių Europoje.

Bazinio pieno nėra   

Tokio dalyko kaip „bazinis“ pienas gamtoje nėra. Kaip žinia, karvės duoda tik natūralų pieną. Vadinasi, „bazinis pienas“ – tai popieriuje išvestas rodiklis, dėl kurio ir kyla įvairūs išvedžiojimai bei spekuliacijos pieno supirkimo kainų tema. Bazinių pieno riebumo ir baltymingumo rodiklių suvienodinimas su natūralaus pieno rodikliais leistų parodyti realią mokamą kainą už natūralų pieną.

Lietuvoje pienas superkamas pagal 1998 m. valstybės nustatytus bazinius pieno rodiklius – 3,4 proc. riebalų ir 3,0 proc. baltymų. Beje, šiuos bazinius standartus nuo sovietmečio tebenaudoja ir Rusijos Federacija. Sveikos karvės minėtos sudėties pieno apskritai negamina. Lietuvoje melžiamas natūralus pienas, kurio metinis faktinis riebumas gerokai didesnis nei „popierinis“ ir siekia 4,16 proc., o baltymingumas – 3,25 proc.

Kitaip tariant, daugiau riebalų ir baltymų turintis natūralus pienas iš ūkininkų superkamas perskaičiuojant į žemesnius bazinius rodiklius, ir taip dirbtinai sumažinant „popierinę“ pieno supirkimo kainą 20-25 proc., nors ūkininkas gauna faktinę nesumažintą kainą už natūralų pieną.

Galimybė gaminti vertingesnį pieną

Esami žemi baziniai rodikliai neskatina pieno ūkių gaminti daugiau baltymų turintį pieną, kurio vertė tiek vartotojams, tiek perdirbėjams yra didesnė. Apie tai liudija statistika – pagal faktinį metinį natūralaus pieno baltymingumą tarp visų ES šalių Lietuva tėra 25 pozicijoje. Pagal natūralaus pieno riebumo rodiklius užimame aukštą šeštąją vietą Bendrijoje.

Tačiau būtent baltymų kiekis natūraliame piene duoda didžiausią vertę tiek ekonominiu, tiek vartojimo požiūriu. Visų pirma, didėjant pieno baltymingumui didėja jo maistinė vertė bei mineralinių medžiagų (kalcio ir fosforo) kiekis. Besikeičiantys vartotojų įpročiai liudija, kad sveikoje mityboje vietoj kaloringų ir daugiau riebalų turinčių maisto produktų vartotojai dažniau linkę rinktis produktus, turtingus baltymais ir mineralais.